Guangjing Wang Ph.D. Candidate

High Performance Computing (9)

2018-11-24
HPC

In this post, I make notes about some methods for debugging and optimizing the program.

Tricky

  1. Locate the code position according to the error instruction:
    addr2line -Cif -e gtc_double_no_output 0x5438c4b
    
  2. Periodically execute and check the result of a command:
     watch -n 10 nvidia-smi
    
  3. double free or corruption (out), double free or corruption (!prev): the general reason is that the pointer address is released twice, or the array is out of bounds.

  4. The method of locating the bug:
  • Dichotomy + Return to determine the wrong line;

  • The wrong line does not necessarily equal the cause of the error;

  • Simply assign values to the variables used, and observe whether the error still exists, so as to determine those variables that have problems;

  • Reverse backtracking, looking forward for the assignment statement of the variable;

Gprof

Linux 下C++性能测试工具gprof, 编译的时候打开编译开关, -pg.

g++  -pg test_gprof.cpp test_gprof_new.cpp -o test_gprof

执行后会新生成一个gmon.out文件, 运行性能测试工具

gprof test_pgrof gmon.out

可以看到各种参数跃然于屏上: (1) flat profile,包括每个函数的调用次数,以及每个函数消耗的处理器时间; (2) call graph 包括函数的调用关系,每个函数调用花费的时间;

Valgrind

(1) Memcheck是一个内存检查器,发现开发中绝大多数内存错误的使用情况,比如使用未初始化的内存,使用已经释放的内存,内存访问越界等;

(2) Callgrind它用来检查程序中函数调用过程中出现的问题;

(3) Cachegrind用来检查程序中缓存出现的问题,它模拟CPU中的一级缓存l1,D1和L2二级缓存,能够精确的指出程序中cache的丢失和命中,能够提供cache丢失次数,内存引用次数,以及每行代码,函数产生的指令数, Cache对目前系统的性能有很大的影响,因此这些信息可以指导调整代码,提高程序性能;

(4) Helgrind用来检查多线程程序中出现的竞争问题, 检测多线程竞争资源的工具;

(5) Massif检查程序中堆栈使用出现的问题;它能测量程序在堆栈中使用了多少内存,告诉我们堆栈,堆管理块和栈的大小,对内存使用进行优化。

最常用的调用格式: Valgrind [options] prog-and-args -tool=toolname最常用的选项,运行valgrind中名为toolname的工具,默认为memcheck;

g++ -g -o testValgrind testValgrind.cc
~/bin/bin/valgrind --tool=memcheck --leak-check=full ./testValgrind

gcc的-g选项:创建符号表,符号表包含了程序中使用的变量名称的列表;会保留代码的文字信息,便于调试。

CUDA Visual Profiler

一个图形化的剖析工具,可以显示你的应用程序中CPU和GPU的活动情况,利用分析引擎帮助你寻找优化的机会。 Visual Profiler下面的框中 Analysis是对程序改进的一些意见; details中显示的是程序运行的详细数据,包括函数开始时间,持续时间,线程,块以及带宽等数据; Console中显示是控制台显示的信息,包括一些程序中的printf 和运行时的警告.

CPU和GPU部分显示了硬件和执行内容信息,点某一项则将时间条对应的部分高亮,便于观察,同时右边详细信息会显示运行时间信息。从时间条上看出,cudaMalloc占用了很大一部分时间. 从时间条上看出,cudaMalloc占用了很大一部分时间。下面分析器给出了一些性能提升的关键点,包括:低计算利用率(计算时间只占总时间的1.8%,也难怪,加法计算复杂度本来就很低呀!);低内存拷贝/计算交叠率(一点都没有交叠,完全是拷贝——计算——拷贝);低存储拷贝尺寸(输入数据量太小了,相当于你淘宝买了个日记本,运费比实物价格还高!);低存储拷贝吞吐率(只有1.55GB/s)。这些对我们进一步优化程序是非常有帮助的。

我们点一下Details,就在Analysis窗口旁边。通过这个窗口可以看到每个核函数执行时间,以及线程格、线程块尺寸,占用寄存器个数,静态共享内存、动态共享内存大小等参数,以及内存拷贝函数的执行情况。这个提供了比前面cudaEvent函数测时间更精确的方式,直接看到每一步的执行时间,精确到ns。

常见的问题:

(1) 该程序计算和复制数据的比例较低,即计算量相对于复制数据量差别不大,复制时间太长,显示不出GPU并行计算的效率,大量时间花费到了复制上;

(2) 该程序复制数据和计算的重叠度较低,即复制数据的同时没有进行任何计算,浪费了GPU带宽,本文使用的是矢量相加代码,将数据在cpu生成复制到gpu计算再复制回来,自然不会有任何重复;

(3) 该程序内核并发度较低,即两个核函数并行执行的百分比较低,最好使用更多的核函数在不同的grid执行;

(4) 较低的内存通道,内存复制没有使用全部的主机到设备的带宽,仅达到1.542GB/s,现在GPU一般能达到几十GB/s,少量内存复制没有发挥出GPU主机到设备的带宽优势, 这是最基础也是最有效地优化方式.


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